Manizales estaba muy bien situada, desparramada sobre la cordillera, lo que le permitía mirar hacia Neira y Aranzazu, o sea hacia el norte; pero también podía observar en dirección a Villamaría y hacia el sur, controlando el Estado Soberano del Cauca. Ocupaba pues una estratégica posición en medio de dos estados federales en permanente conflicto.

Hacia mediados del siglo XIX había un ambiente general de guerra. Se peleaba por las consecuencias de las guerras de independencia, por el poder de los militares, por el latifundio, por las desigualdades económicas y sociales, por la desorganización del Estado, por la religión y por el federalismo.

El ambiente de guerra se extendía por doquier y alcanzó también el caserío de Manizales, fortaleza inexpugnable, considerada un "nido de águilas" y el "Gibraltar antioqueño".

Dividido el país con una estructura federalista, la guerra se inició en el Estado del Cauca contra el gobierno central (1859-1862): Al comenzar el año de 1860, el gobernador del Estado del Cauca, General Tomás Cipriano de Mosquera, proclamó la separación de dicho estado de la Confederación y apoyado por otros estados, se declaró en rebelión con el título de supremo director de la guerra ante el Presidente de la República -Mariano Ospina Rodriguez -conservador- . Se desató la guerra, con batalla en cercanias del poblado de Manizales. Mosquera, líder de este levantamiento, buscaba acrecentar el poder del Estado del Cauca, el más grande del país. Manizales que contaba con una hegemonia politica conservadora, se convirtió en centro estrategico y militar. Se desplazo a vivir a Manizales gente de la Aldea de María, Santa Rosa y Pereira, por ser Manizales neutra políticamente por ser población fronteriza. 

Por su parte el gobierno de Antioquia se movió con rapidez y situó el ejército y el Estado Mayor en "La cuchilla de Manizales", donde estaban los generales Joaquín Posada Gutiérrez y Braulio Henao. Este último cruzó el río Chinchiná que era el límite entre Antioquia y el Cauca y avanzó por territorio caucano hasta la Aldea de María (Villamaría) y Santa Rosa donde chocó con las tropas liberales del Cauca (11 de agosto); finalmente las tropas conservadoras regresaron a Manizales y el General Mosquera se situó con su ejército en la Aldea de María, el 25 de agosto.

Las tropas de Mosquera estaban integradas por 3.500 hombres de infantería, 500 de caballería, cinco cañones, banda de música y abundante parque, pero al mirar hacia Manizales, situada en todo lo alto, entendió como buen estratega, que la arrugada geografía favorecía a los antioqueños, por lo tanto planteó una negociación la que se realizó el día 26 en el puente sobre el río Chinchiná, entre la aldea de María y Manizales, pero no llegaron a ningún acuerdo y se inició la batalla el día 28.

Los manizaleños se habían preparado aprovechando las ventajas que brindaba el terreno.

Para ello el Coronel Braulio Pérez Pagola situó las tropas en los puntos más estratégicos y peligrosos como la colina que hoy corresponde al Alto de Chipre, el Alto de San Antonio, la salida para La Linda y la loma que queda frente a la quebrada de Olivares. De otro lado en todo el filo del callejón El Carretero, que después se llamó Avenida Cervantes, se organizaron numerosos huecos y se camuflaron con ramas, de suerte que las primeras caballerías que entraron se enredaron en las trampas mortales. Además en parte de este filo aún permanecían las cepas de los grandes árboles derribados y fueron utilizadas como empalizadas para detener la invasión.

Pero del ejército liberal apareció por donde no lo esperaban, utilizó la noche del día 27 para moverse con sigilo y sólo descubrieron su maniobra a las 5:30 de la mañana del día siguiente dándose inicio a la batalla. A las siete horas de intensa lucha el ejército liberal cayó en la trampa de los huecos y se retiraron en desorden hacia la aldea de María dejando numerosos cadáveres y caballos heridos.

Mosquera observó que no había sido perseguido por las tropas antioqueñas y llegó a la conclusión que en Manizales no se habían dado cuenta de su desastre por lo cual disfrazó su derrota y reorganizó el ejército.

Mientras esto sucedía le informaron que los liberales habían sido vencidos en Santander, por lo tanto nada le favorecía y optó por izar bandera blanca convencido de no poder tomarse la aldea de Manizales.

El día 29 Mosquera envió un delegado a conferenciar con los Generales Joaquín Posada y Braulio Henao y le propuso una Esponsión militar (promesa o compromiso), los Generales antioqueños aceptaron y se reunieron para negociar bajo un toldo en el camino, en el filo del Carretero.

Al día siguiente, 30 de agosto, se firmó el pacto en una casa de habitación en Versalles, en el camino que iba para Solferino. Por este acuerdo el General Mosquera se comprometió a suspender toda hostilidad contra el gobierno central, retirarse al Cauca y desarma su ejército, si el convenio era aprobado por el gobierno nacional. Así mismo la ciudad de Manizales quedaría como plaza neutral y su ejército se retiraría a Salamina.

Pero los conservadores de Bogotá no aceptaron el armisticio de Manizales y continuaron las hostilidades.

Mosquera ganó mucho con este acuerdo ya que se retiró al Cauca para reorganizar su ejército y continuar la guerra, organizó las fuerzas liberales de Santander, Magdalena, Bolívar y Cauca y después de 6 meses de guerra se tomo a Bogotá en 1861.

Durante este periodo, se les exigieron contribuciones a los manizalitas pudientes (como Eduardo Hoyos, Eduardo Walker, Sótero Vélez, Marcelino Palacio, Benito Henao y Antonio Ceballos) con su plata se construyo un puente sobre el rio Guacaica para comunicar con Neira. Se pidieron mas contribuciones y se encarcelo a varios de los empresarios de Manizales, tildandolos de liberales. Se dirigieron al gobierno con cartas, se les considero conservadores y se les bajo el monto de las cuotas de contribucion. 

Estos 3 años de guerra provocaron escasez de ropa y tabaco en Manizales. Se reclutaban hombres de 16 a 55 años como guardias municipales y soldados de la confederación. Se tomaron medidas contra la vagancia, el juego, la prostitución y la embriaguez, considerados los delitos mas graves de la provincia, y medidas contra el contrabando principalmente de cacao, trago y armas. 

Todo el que saliera despues de ponerse el sol debía contestar a todo momento al "quien vive" de los centinelas y patrullas. Nadie entraba ni salía de la ciudad sin pasaporte dado por algun militar de alto rango. Se contribuía al ejercito con ganado mayor y cerdos. Detras del ejercito venian comerciantes, curanderos, contrabandistas, zapateros remendones y ladrones -a robar a los muertos-. En este periodo, las mujeres de Manizales se resguardaban dentro de las casas, porque los soldados que no estuvieran acompañados por juanas (aparecen las "juanas" o prostitutas) o esposas, buscaban a las del pueblo. 

"Los herejes venían por el Cauca degollando curas: los herejes eran los liberales"

Durante los 3 años de guerra, ganaron mucho los ganaderos y productores de panela y los grandes comerciantes. Manizales recibio dinero para la guerra. Se contribuia obligatoriamente con panela. En lo más caldeado de la guerra se expropió toda la sal de la población para aplicar el producto a los gastos de guerra y el cacao empacado que se encontraba en la ciudad. En un momento dado se prohibió la venta de carne de ganado y de cerdo a los particulares, asi como para el cacao. 

Cacao

Contexto politico, religioso y economico nacional a partir de la guerra

La victoria de Tomás Cipriano de Mosquera lo llevó a la presidencia de la Confederación Granadina para el período 1860-1863. Una vez en el poder, entre sus primeras medidas de gobierno, figuran la disolución de la Compañía de Jesús, la expulsión del arzobispo y del representante de la Santa Sede, la confiscación de conventos y bienes de la iglesia y la derogación de la libertad religiosa.  Por decreto del 9 de septiembre de 1861 se dispuso la desamortización de bienes de manos muertas: estos eran civiles o eclesiásticos pero los que pertenecían a la Iglesia tenían mayor significación económica. Se calcula, tal vez con un poco de exageración, que al producirse la desamortización, la Iglesia poseía la tercera parte de los bienes raíces del país. 

La medida que tenía por objeto hacer entrar en la circulación económica esa enorme masa de bienes, dio lugar a la especulación, pues los sectores dominantes que tenían acaparados los bonos de la deuda pública se hicieron adjudicar por ellos, a menor precio, inmensas extensiones de terreno, produciendo como resultado un simple cambio de dueño y trocando el latifundio clerical por un latifundio laico. Los comerciantes, generales y burócratas liberales, fueron los que en mayor medida acudieron a hacerse adjudicar los bienes eclesiásticos consolidando así la unión de intereses entre el latifundio y el comercio y borrando la posible y momentánea expresión de intereses de liberalismo como simple expresión de comerciantes. Por su parte la oligarquía conservadora, aunque no en forma tan explícita, y cuidando su imagen a través de testaferros, procedió también a apropiarse de los bienes eclesiásticos, pues transacción tan benéfica borraba, todo escrúpulo doctrinario o moral. Una vez producido el desmonte, el gobierno liberal creó en 1868 la Universidad Nacional con características laicas y contrató misiones de pedagogos alemanes para que enseñaran artes y oficios e inculcaran a los educandos el “amor al trabajo”.

Las reformas económicas tenían un sentido: ampliar el mercado, volver mercancía la tierra y la fuerza de trabajo; de allí la supresión de trabas, la liquidación de resguardos (el resguardo es una institución socioeconómica que se consolidó en los siglos XVII y XVIII para la protección de los indigenas en las colonias españolas; era la tierra que se asignaba a un pueblo indígena, la cual tenía carácter de propiedad comunal y a la vez era inalienable,fueron establecidos en las Reducciones o Pueblos de Indios, o sea en aquellos núcleos de población aborigen que no fueron repartidos en las encomiendas)  y ejidos, la expropiación de bienes eclesiásticos para convertir la tierra en libremente negociable. De allí también la abolición de la esclavitud, la liberación a los indígenas de sus tierras y la conversión de toda esta masa en un mercado libre de fuerza de trabajo. 

Para tal situación lo más adecuado era una ideología igualitaria y utilitarista que convirtiera a los ciudadanos en iguales ante el derecho, aptos para votar, en sujetos libres e iguales como contratantes, bien para la venta de sus tierras y de su fuerza de trabajo o para ejercer la libertad de comprar según las apetencias impuestas por la necesidad. La abolición del ejército regular y su sustitución por milicias dirigidas por ciudadanos pudientes —al amparo de las leyes sobre libertad de comercio de armas— permitió la evicción de sus cargos a los oficiales populares en el momento de la confrontación y el desarrollo de la acción de las oligarquías locales, que contaron con sus propias milicias, ante la ausencia de un poder militar de o nacional. 

En lo inmediato, algunas de las reformas adelantadas podían corresponder a intereses económicos específicos. Así: 

La abolición de los resguardos estaba dentro del interés de los comerciantes, en la medida en que agrandaba el mercado de la fuerza de trabajo y de la tierra.  Lo primero, porque al desposeer de sus tierras a los indígenas, obligaban a un sector de éstos a vender su fuerza de trabajo, a proletizarse a entrar a la economía monetaria y a constituirse en demanda ampliada de mercancías, aunque lo que sucedió con más frecuencia fue la conversión de los indígenas en arrendatarios, colonos o aparceros.  Lo segundo, porque la tierra se volvió libremente negociable y económicamente más apta para cumplir funciones de producción con destino al mercado interno y a la exportación. Esto último podía decirse también de la liquidación de ejidos y de la desamortización de bienes eclesiásticos. 

La abolición de la esclavitud convenía a comerciantes y artesanos por las mismas razones de ampliación del mercado y convenía obviamente a los mismos esclavos. Las medidas de libre cambio y de abolición de los estancos estaban dentro del interés de los comerciantes, pero no así el libre cambio respecto a los artesanos. La abolición de los diezmos eclesiásticos disminuía cargas a los agricultores y aligeraba el comercio.

Algunas de las medidas enunciadas eran contrarias a los intereses de los terratenientes, pero otras les eran indiferentes e incluso benéficas. Es claro que para los esclavistas la abolición de esta institución les perjudicaba. Por esta razón, en las regiones donde la esclavitud era muy fuerte, hubo una estrecha ligazón entre el partido conservador y los terratenientes esclavistas que defendían, además de sus intereses materiales, el statu quo representado en una concepción jerarquizada de la sociedad que los colocaba en la cúspide y asignaba las más bajas esferas para los otros sectores raciales. A nombre de la religión y del partido conservador, el sector esclavista se lanzó a la guerra en 1851 contra el gobierno liberal que proponía la abolición de la esclavitud. 

La supresión de resguardos y ejidos no pugnaba con los intereses de los terratenientes e incluso les favoreció, puesto que con los comerciantes, fueron los beneficiados por la adquisición de las tierras comunales. La abolición de los diezmos eclesiásticos, aunque a algunos les creara problemas de conciencia dada su afiliación religiosa, económicamente les favorecía. Lo propio puede decirse de la desamortización de bienes eclesiásticos, pues aunque fueron liberales los que más se los hicieron adjudicar, muchos conservadores hicieron caso omiso de escrúpulos doctrinarios o partidistas con tal de ensanchar su patrimonio. 

En cuanto a la abolición de las tarifas proteccionistas y la implantación del libre cambio, la contradicción económica se presentó entre comerciantes y artesanos y no entre los primeros y los terratenientes. La medida en nada perjudicaba a estos últimos; antes por el contrario, ella abría posibilidades a la exportación de productos agrícolas y a la rebaja de los aranceles de importación para los bienes de lujo, que en gran parte eran consumidos por los terratenientes

Como dato curioso, se emitieron billetes de denominacion de 1, 2, 3, 10, 20 y 100 pesos con su equivalencia en reales (1 peso equivalia a 10 reales) y se emitieron estampillas de correo como la siguiente:

El movimiento de 1860, de contenido federalista y liberal, culminó en 1863 con la Asamblea Constituyente reunida en la ciudad de Rionegro, en el estado de Antioquia. Su lema fue Federación y Libertad. El país tomó entonces el nombre de Estados Unidos de Colombia. La Constitución de Rionegro (su preámbulo invoca al pueblo como fuente de autoridad) llevó al extremo la vigencia de los principios liberales, dio amplia soberanía a los estados federados y sólo reservó para los poderes centrales el manejo de las relaciones exteriores y algunas facultades en tiempo de guerra exterior. 

En esta Constitución se afirmaba el carácter federal de la nación, con el reconocimiento autonómico de los Estados, el ejecutivo (elegido por los Estados que establecían sistemas electorales propios) volvía a ser débil respecto al legislatvo. Esta Constitución era de carácter liberal, tendencia que en el texto se hacía patente en el apartado de derechos y deberes de los ciudadanos y de talante anticlerical. En materia de derechos individuales, los de comercio, prenda y reunión fueron concedidos sin límites. Los poderes del Estado fueron reducidos, al mínimo. 

Esta Constitución -vigente hasta 1886- consagró todas las libertades en absoluto, por eso se llama radical y los años comprendidos entre 1863 y 1886, son llamados el Período del Radicalismo en Colombia. El período histórico del radicalismo representa la máxima expresión del Liberalismo en el siglo XIX, con sus impulsos revolucionarios de libertad absoluta, justicia humanitaria, fortalecimiento del poder civil, defensa del sistema federalista para Colombia, separación entre la Iglesia y el Estado, la laización de la educación pública, el librecambismo, la descentralización de rentas y los gastos públicos, la abolición de los fueros, la abolición de la esclavitud y la defensa de las libertades de pensamientos, imprenta, culto religioso, expresión y cátedra

En este tiempo se realizaron los períodos presidenciales del General Tomás Cipriano de Mosquera, Manuel Murillo Toro, General Santos Acosta, General Santos Gutiérrez, Salvador Camacho Roldán, Santiago Pérez, Eustoquio Salgar, Aquileo Parra, Julián Trujillo, Sergio Camargo, Rafael Núñez, Francisco Javier Zaldúa, José Eusebio Otálora y otros en condición de designados.

El ciclo del Radicalismo corresponde a los años de las generaciones Romántica y Radical, llamadas también "cultas", dado su interés por la educación y la cultura. Es el período de la Historia de Colombia en que se inicia la era de los ferrocarriles, el telégrafo, la organización de los bancos comerciales y otras expresiones iniciales del desarrollo industrial y tecnológico. Sin embargo, este ciclo histórico tiene también caracteres de inestabilidad político-económica, con una débil economía en su estructura de base y un enfrentamiento político continuo, en un país dividido entre conservadores y liberales, trabados en guerras civiles, en lucha apasionada y fanática por la obtención del liderato y del poder.