Durante la vigencia de la Constitución de Rionegro, que favorecía la autonomía de los Estados y la creación de poderosos ejércitos regionales en contraposición a la debilidad política y militar del gobierno central, hubo cerca de 40 guerras civiles regionales y sólo una nacional, la de 1876.

De origen político-religioso, la cual enfrentó a conservadores y liberales. Los conservadores se levantaron contra el gobierno liberal y se desato la guerra de nuevo, argumentando la defensa de la soberanía de los Estados y de la religión católica:  Un sector de la oligarquía caucana afiliada al partido conservador y que buscaba recuperar poder económico y político, llamó a la guerra esgrimiendo de nuevo el problema religioso. Esta vez se trataba de neutralizar la educación laica proclamada mediante la "ley de enseñanza laica" por los liberales del Estado central. A su lucha se unieron los Estados de Antioquia y Tolima, también dominados por conservadores. 

La iglesia de Antioquia y Cauca considero que los católicos no deberian asistir a las escuelas del Estado, surgió el concepto de "ateísmo liberal" eran enemigos de la moral y las instituciones. Los curas azuzaban a la población en contra de los liberales, y a ellos se les creía ciegamente. 

Se declaró al Estado en guerra, contaba con 8000 a 9000 hombres en su ejército. De nuevo Manizales se convirtió en plaza fuerte por su condición de ciudad frontera aquí se concentró parte del ejército de Antioquia a órdenes de los generales José María Gutiérrez, Cosme Marulanda y de los coroneles Francisco Caramillo y Juan Manuel Llanos.

Las tropas se prepararon para invadir el Estado del Cauca antes de partir asistían a misa y el padre Nazario Restrepo les ponía a los soldados de Manizales un escapulario del Corazón de Jesús y una banda de género con la divisa: "Dios, Patria y Libertad", despertando así el fervor religioso contra los liberales.

Pero las fuerzas conservadoras fueron vencidas el 31 de agosto en la batalla de los Chancos por el general Julián Trujillo y se refugiaron en Manizales donde la noticia había producido pánico general. Para preparar un nuevo ejército llegó a la ciudad el general Marcelino Veles con el objetivo de fortificarse y preparar una nueva invasión al Estado del Cauca.

Uniforme de 1877

Mientras tanto el general Julián Trujillo marchaba desde el Cauca hasta Manizales y se situó en Villamaría; y desde el Tolima otro ejército, dirigido por el general Santos Acosta, amenazaba a Manizales.

Trujillo se fortaleció en los puntos claves que rodean a Manizales: El Tablazo, La Manuelita, Alto de la Pava, La Cabaña, El Rosario, Morrogacho y el Arenillo; y el general Marcelino Vélez no hacía nada.

En un ambiente tan complicado renunció el Presidente del Estado de Antioquia, don Recaredo de Villa, siendo reemplazado por don Silverio Arango P. el cual empezó a ejercer desde la ciudad sitiada, y para agravar más la situación el general Marcelino Vélez abandonó la ciudad lo que fue aprovechado por el general Julián Trujillo para estrechar su cerco sobre Manizales.

De este modo la ciudad fue rendida el 5 de abril de 1877 y se firmó la capitulación del Alto de San Antonio (abril 6) poniendo término a la guerra.Triunfó el gobierno liberal radical del presidente Aquileo Parra. El liberalismo se dividió en radicales e independientes.

En 1876, el periódico "El Ruiz" se dejo de publicar, ya que la imprenta fue expropiada por el gobierno como contribución de guerra. 

Se construyó la catedral , sólida y que resistiera los frecuentes temblores. 

Se casaban personas del mismo rango social o económico, o descendientes de los fundadores. Villegas, Jaramillo, Arango, Botero se casaban con frecuencia entre sí.

Primer hotel de Manizales:1874, el "Hotel Manizales" con dos tipos de habitaciones y servicios, para viajeros del Cauca, Tolima y Antioquia.

La campesina elegante vestia: pañolón de lana azul profundo con listas rojas al borde, envuelto o amarrado en la cintura, varias faldas de muselina amarilla con enredijos de bejucos verdes y uvas moradas, en la cabeza un moño de cinta roja asegurado con una nodriza. Campesino elegante: ruana pastusa con revés de bayeta roja, camisa blanca de pechera flojilla, pantalones de dril, sombrero de paja de hiraca y copa altísima.

Botiquín doméstico con: tintura de árnica para las heridas y contusiones, ácido fénico diluido en agua para picaduras y mordeduras venenosas, flor de tilo y malva para afecciones nerviosas, cólicos y resfriados.

Contexto Nacional

El “problema religioso” sirvió como principal bandera divisoria de los partidos en el siglo pasado. Incluso en la guerra de 1876 este asunto se hizo explícito y las tropas conservadoras enarbolaron como estandarte la bandera de los estados pontificios. En la propaganda política de los partidos se motejaba a los conservadores de ultramontanos y estos presentaban a los liberales como “matacuras”, ateos y enemigos de la religión. El pueblo en general era fanático católico y el asunto teórico de debate era promovido por una pequeña élite que sabía convertir la controversia sobre el asunto espiritual, en algo más concreto representado en poder político, burocracia y apropiación de tierras. 

Debido a la simbiosis entre la Iglesia y el partido conservador, en la lucha política los intelectuales liberales ciñeron como divisa el anticlericalismo, lo que no obstaba para que la mayoría de ellos fueran religiosos, e incluso algunos radicales, hasta fervorosos católicos. En general, los liberales no adelantaron su ataque contra la Iglesia y sus ministros, en nombre del ateísmo o contra la religión, sino contra la intervención política del clero —porque militaba en el bando contrario— y a nombre de un cristianismo primitivo, por una Iglesia sin lujos y sin pompa y exaltando el culto privado que hacía superfluos a los ministros eclesiásticos, sus enemigos políticos.